Martı Jonathan Livingston, bireysel özgürlük, bireysel başarı ve mutluluk için mücadele eden bir karakteri anlatarak, toplum baskısına direnmeyi ve özgünlüğü vurgular. Eserde işlenen bazı temalar: Özgürlük ve esaret: Martı Jonathan, uçmayı ve özgürlüğü arayarak diğer martılardan farklı bir yol izler. Sosyal uyum: Farklılık gösteren bireylerin toplum tarafından dışlanması ve uyum sağlama baskısı ele alınır. Öğrenme: Öğrenmenin sınırının olmadığı ve sürekli gelişmenin önemi vurgulanır. Ayrıca, Martı Jonathan Livingston, Hz. İsa'yı temsil eden bir metafor olarak da kullanılabilir.