"Lovely Complex", bir kız ve bir erkek arasındaki aşk hikayesini anlatır 13.

Risa Koizumi, 172 cm boyundadır ve ortalama bir Japon kızından daha uzundur 13. Atsushi Otani ise 156 cm boyundadır ve ortalama bir Japon erkeğine göre oldukça kısadır 13. Bu nedenle, okulda komedi ikilisi olarak bilinirler 13.

Hikaye, Risa'nın başka bir sınıftan olan Suzuki'ye aşık olmasıyla başlar 35. Risa, Atsushi'den yardım ister 35. Atsushi de karşılık olarak Risa'nın arkadaşı Chiharu'yu kendisine ayarlamayı teklif eder 35.

Sonunda, Risa, Atsushi ve arkadaşları denize giderler 3. Ancak, planladıkları gibi gitmez ve Suzuki ile Chiharu birbirlerinden hoşlanmaya başlarlar 3. Risa ve Atsushi, planlarından vazgeçer ve onları kendi hallerine bırakırlar 3.

Daha sonra, ikili bir iddiaya girer ve kim önce sevgili bulursa o kazanacaktır 3. Ancak bu iddia da başarısızlıkla sonuçlanır 3.

Risa, zamanla Atsushi ile ne kadar çok ortak noktaları olduğunu fark eder 3. Özellikle, her ikisinin de büyük bir Umibozu (rap grubu) hayranı olduğu tüm okul tarafından bilinir 3. Sonunda, Risa, kendisinden yaklaşık 20 cm kısa olan Atsushi'den hoşlandığını fark eder ve arkadaşlıktan öteye giderek sevgili olmaya çalışır 3.

Hikaye, komikliklerle ve romantik sahnelerle dolu bir macerayı konu alır 35.