"Lovely Complex", bir kız ve bir erkek arasındaki aşk hikayesini anlatır. Risa Koizumi, 172 cm boyundadır ve ortalama bir Japon kızından daha uzundur. Hikaye, Risa'nın başka bir sınıftan olan Suzuki'ye aşık olmasıyla başlar. Sonunda, Risa, Atsushi ve arkadaşları denize giderler. Daha sonra, ikili bir iddiaya girer ve kim önce sevgili bulursa o kazanacaktır. Risa, zamanla Atsushi ile ne kadar çok ortak noktaları olduğunu fark eder. Hikaye, komikliklerle ve romantik sahnelerle dolu bir macerayı konu alır.