Kefalonia halkının kökeni, Paleolitik döneme kadar uzanır . Adada ilk yerleşimciler Leleg kabileleri olmuştur (MÖ 15. yüzyıl) .
Daha sonra Antik Yunan halkları olan Tilev ve Tafi adada yaşamışlardır . Mykenai uygarlığının da Kefalonia'da etkili olduğu, özellikle Sami ve Poros çevresinde kalıntılar bulunmasıyla doğrulanmaktadır .
Ortaçağ döneminde ada, Normanlar, Franklar, Andegalılar ve Toccanlar gibi farklı halkların egemenliğine girmiştir . 1500 yılından itibaren ise Venedik yönetimi altına giren Kefalonia'da, Venediklilerin kültürel ve mimari etkisi belirgin hale gelmiştir .