Kabakçı Mustafa, 1808 yılında, 3. Selim'in tahttan indirilmesine neden olan isyanı yönettiği için idam edilmiştir. Kabakçı Mustafa'nın idam edilmesinin diğer nedenleri arasında, yeniçerileri ve halkı III. Selim'in yenilikçi reformlarına karşı kışkırtması ve isyan sırasında 11 devlet adamının öldürülmesini emretmesi yer almaktadır. Kabakçı Mustafa, isyanın ardından yakalanarak, Alemdar Mustafa Paşa'nın emriyle, 300 kişilik bir süvari baskın birliği tarafından, 14 Temmuz 1808'de, Rumeli Feneri Kalesi'ne yapılan sürpriz bir saldırıda öldürülmüştür.