İstanbul Deniz Müzesi'nde çeşitli tarihi gemiler ve deniz araçları sergilenmektedir. Bunlardan bazıları şunlardır: Tarihi Kadırgalar: Müzenin en önemli eserlerinden biri olan ve dünyanın yaşayan en eski gemisi olarak bilinen tarihi kadırga. Osmanlı Padişahlarının Kullandığı Saltanat Kayıkları: XIX. yüzyıla ait, padişahlar ve yakınları için törenlerde ve günlük gezilerde kullanılan kayıklar. Mustafa Kemal Atatürk'ün Kullandığı Kayıklar: Atatürk'ün Florya Köşkü'nde ve Ankara Gazi Çiftliği'nde kullandığı maun ağacından yapılmış kayıklar. Ertuğrul Fırkateyni'ne Ait Eserler: Ertuğrul Fırkateyni'nin Japonya seferine dair hikayelerin anlatıldığı bölümde yer alan eserler. Müzede ayrıca gemi baş figürleri, isim levhaları, seyir aletleri ve çeşitli denizcilik objeleri de sergilenmektedir.