İnka medeniyetinin yok olmasının birkaç nedeni vardır: 1. İspanyol İstilası: 1532 yılında Francisco Pizarro önderliğindeki İspanyol fatihler, İnka İmparatorluğu'nu istila etti. 2. Hastalıklar: İspanyol istilasıyla birlikte Avrupalılar, bölgeye getirdikleri hastalıklar nedeniyle yerli halk arasında salgınlar ve ölümler yaşandı. 3. Sosyal ve Siyasi Çalkantılar: İç çekişmeler ve taht kavgaları, imparatorluğun zayıflamasına yol açtı. 4. Tarım ve Su Yönetimi Sorunları: İnka medeniyeti, tarım ve su yönetimi konularında başarılı olmasına rağmen, bu sistemlerin bozulması tarımın ve su kaynaklarının verimsizleşmesine neden oldu.