İnka medeniyetinin yok olmasının başlıca nedenleri şunlardır: İç savaş: İmparator Huayna Capac'ın 1525 yılında çiçek hastalığından ölmesinin ardından oğulları Huascar ve Atahualpa arasında başlayan taht mücadelesi, imparatorluğun birlik ve gücünü zayıflattı. İspanyol istilası: 1532 yılında Francisco Pizarro önderliğindeki İspanyol işgalciler, İnka topraklarını ele geçirdi. Hastalıklar: İspanyolların beraberinde getirdiği çiçek hastalığı, grip ve kızamık gibi hastalıklar, İnka nüfusunun büyük bir kısmını öldürdü. Askeri üstünlük: İspanyolların çelik kılıçları, tüfekleri ve topları, İnka askerlerinin taş ve bronz silahlarına göre çok daha üstündü. Yerel kabilelerin desteği: İspanyollar, İnka yönetimindeki diğer kabileleri kendi taraflarına çekerek İnka İmparatorluğu’nun direnişini zayıflattı.