İnka İmparatorluğu'nun sonu, İspanyol istilası ve iç savaş nedeniyle gelmiştir. İmparatorluğun çöküşünde etkili olan bazı nedenler: İç savaş: İmparator Huayna Capac'ın ölümünden sonra oğulları Atahualpa ve Huascar arasında taht kavgası çıktı. İspanyolların gelişi: 1532'de Francisco Pizarro, küçük bir orduyla İnka topraklarına geldi. Hastalıklar: Avrupalılar, çiçek hastalığı, kızamık ve grip gibi hastalıkları da beraberinde getirdi. Askeri üstünlük: İspanyolların çelik kılıçları, tüfekleri ve topları, İnka askerlerinin taş ve bronz silahlarına göre çok daha üstündü. İmparatorluğun sonu, 1572'de Vilcabamba'daki son İnka direnişinin yok edilmesiyle kesinleşti.