Herakleia Antik Kenti'nin hikayesi şu şekilde özetlenebilir: Kuruluş: Herakleia, adını Yunan mitolojisi kahramanı Herakles'ten almıştır. Tarihsel Dönemler: Karya Dönemi: Persler zamanında Karia Satrabı Mausolos'un eline geçmiştir. Hellenistik Dönem: Büyük İskender'in Anadolu'ya girişiyle Helenistik döneme geçmiş ve İon kültürünün etkisi altına girmiştir. Roma Dönemi: Pergamon Kralı III. Attalos'un vasiyetiyle Roma topraklarına katılmıştır. Bizans Dönemi: M.S. 4. yüzyılda Doğu Roma (Bizans) sınırlarına dahil olmuş, dini bir merkez haline gelmiştir. Terk Ediliş: M.S. 1. yüzyılda denizle bağlantısı kesilince önemini kaybetmiş, daha sonra Hristiyan keşişlerin saklanma yeri olmuştur. Günümüzdeki Durum: Günümüzde Kapıkırı Köyü ile iç içe geçmiş olup, ziyaretçilerine İyon, Karya, Hellen, Bizans ve Osmanlı dönemlerinden izler sunmaktadır.