Gesi Bağları türküsünün hikayesi, Molla Fadime adlı bir kıza aittir. Hikayeye göre, Molla Fadime'nin annesi Şerif, babası Alimülazım ve bir de kızı Sabiha vardır. Olayın ardından Molla Fadime bir daha evine dönmemiş ve yaşadığı acıları ve üzüntüleri dile getirmek için Gesi Bağları türküsünü söylemiştir.