Freezing animesi, 2065 yılında Dünya'nın, Nova adı verilen çok boyutlu uzaylıların istilası altında olduğu bir dönemde geçmektedir 12.

Askeri akademi öğrencileri olan genç kadınlar Pandora ve genç erkekler Limiter, süper insan dövüş becerileri ve silahlar ortaya çıkarmak için özel genetik doku olan Stigmata'yı kullanabilmektedir 124.

Hikaye, Kazuya Aoi'nin, ölen ablası Kazuha'ya çok benzeyen güçlü Pandora Satellizer el Bridget ile tanışması ve onun Limiter'i olmayı kabul etmesiyle gelişir 125.

Okullarına yapılan Nova saldırısı sırasında, Satellizer ve Kazuya, Alaska'daki bir araştırma laboratuvarına katılır ve burada Evrim Pandora (E-Pandora) projesine yardımcı olurlar 12.

E-Pandora'lardan birinin kontrolden çıkması, diğerlerini deney ilaçlarının güvenliğini sorgulamaya zorlar, ancak müdür ve şirketin isteklerine uymak zorunda kalırlar 12.

Keşfettikleri şey, onların harcanabilir hale gelene kadar kullanılacağıdır ve E-Pandora Amelia Evans, bir isyana öncülük eder 12.

Kazuya, ailesinin Pandora ve Nova ile olan bağlantılarını öğrenir 12.

Kazuya'nın dedesi Gengo Aoi, benzer bir proje başlatır ve Satellizer ile Rana'yı, Valkyries adlı özel bir ekibe dahil eder 12.

Ancak, sahte Nova ile yapılan bir gösteri tatbikatı sırasında, Pandoralar illüzyonlar yaşar ve sahte Novalar, Genetics'i yok eden bir orduya dönüşür 12.

Gengo, bu durumu, Kazuya'nın efsanevi Pandora teyzelerini serbest bırakarak karşılar, ancak bazı Legendary Pandoralar, Busters'ın anti-donma nedeniyle ölümcül Novalara dönüşür ve Kazuya'nın özel donması ve Arcadia 01'in gücüyle yenilgiye uğratılır 12.

Chevalier, Gengo'ya saldırmaya devam ederken, Gengo, Kazuya'yı Novaların geldiği Elca dünyasına göndererek onlar hakkında gerçeği öğrenmesi için ana planını harekete geçirir 2.