Ahıska Türklerinin kökenine dair farklı görüşler bulunmaktadır: Gürcü tezi: Ahıska Türklerinin, Müslümanlığı kabul etmiş Gürcülerden oluştuğu iddia edilir. Türk tezi: Ahıska Türklerinin Kıpçaklar, yerli Oğuz karakterli Türkmenler (Karapapaklar/Terekemeler), Anadolu'dan gelen Türkler ve Kürtlerden oluştuğu savunulur. Ayrıca, bazı kaynaklar Ahıska Türklerinin kökenini MÖ 2. yüzyılda Kafkasya'daki Bulgarlarla, Ortodoks Kıpçaklar ve diğer "Türki" kabilelerin karışımına dayandırmaktadır. Ahıska Türkleri, 1944 yılında Stalin'in emriyle Orta Asya'ya sürülmüştür.