Erhan Afyoncu'nun en iyi kitabının hangisi olduğuna dair kesin bir yanıt vermek mümkün değildir, çünkü bu, kişisel tercihlere bağlıdır. Ancak, Afyoncu'nun bazı popüler ve beğenilen kitapları şunlardır: Sorularla Osmanlı İmparatorluğu; Herkes İçin Kısa Osmanlı Tarihi (1302-1922); Osmanlı'nın Hayaleti; Muhteşem Süleyman: Kanuni Sultan Süleyman ve Hürrem Sultan; Truva’nın İntikamı: Fatih Sultan Mehmed ve İstanbul’un Fethi’nin Bilinmeyen Yönleri. Afyoncu'nun eserleri genellikle Osmanlı tarihi, bürokrasi yapısı, savaşlar ve isyanlar gibi konuları ele alır.