Endonezya'nın "1000 yıllık ülke" olarak anılmasının nedeni, tarihinin çok eski dönemlere dayanmasıdır. İlk insan yerleşimlerinin en az 700.000 yıl öncesine dayandığı Endonezya'da, modern insanlar (Homo sapiens) yaklaşık 45.000 yıl önce gelmiştir. Endonezya, tarih boyunca Çin, Hindistan, İran ve Bizans gibi medeniyetlerin deniz ticaret yolu üzerinde yer almıştır. Portekiz, Hollanda, İngiltere gibi sömürgeci devletlerin etkisiyle de zengin bir tarih ve kültürel çeşitlilik oluşmuştur. Bu nedenle, Endonezya'nın tarihi derinliği ve çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapması, onu "1000 yıllık ülke" olarak nitelendirmeyi mümkün kılmaktadır.