Türkiye'nin Endonezya ile tarihi bağları, 16. yüzyıla kadar uzanmaktadır. Bu bağlar şu şekilde özetlenebilir: 1. Osmanlı İmparatorluğu Dönemi: Aceh Sultanlığı'nın Portekiz baskılarına karşı Osmanlı'dan yardım istemesi üzerine iki ülke arasında resmi ilişkiler tesis edilmiştir. 2. İslamiyetin Yayılması: 12. yüzyılda Endonezya'yı ziyaret eden Türk İslam alimleri, İslamiyetin yayılmasında etkili olmuşlardır. 3. Tsunami Felaketi: 2004 yılında meydana gelen tsunami felaketi sonrasında Türkiye'nin Endonezya'ya yaptığı yardımlar, iki ülke arasındaki dostane ilişkileri pekiştirmiştir. 4. Kültürel Etkileşim: İki ülke arasındaki tarihi ve kültürel bağlar, günümüzde de eğitim, burs programları ve kültürel değişim projeleri aracılığıyla devam etmektedir.