Ege ile Gaga'nın konusu, Ege adlı küçük bir çocuk ile onun Gaga adını verdiği bir karganın her bölümde merak ettikleri bir şeyi araştırmalarını ve çeşitli maceralara atılmalarını anlatır. Ege, taşrada, harika bir doğa ortamında yaşamaktadır. Her bölümde küçük bazı bilgiler verilen çizgi dizide, öğrenme merakı, yardımlaşma, sorun çözme ve arkadaşlık gibi temalar işlenir.