Ebru sanatı için en iyi boya, geleneksel olarak toprak boyalar olarak adlandırılan, doğada bulunan mineral pigmentlerin öğütülmesiyle elde edilen boyalardır. En sık kullanılan toprak boyalar: Siyah toprak boyası (demir oksit): Koyu ve derin siyah renk verir. Kırmızı ve turuncu toprak boyaları (demir oksit türevleri): Canlı kırmızı ve turuncu renkler sağlar. Oksit sarısı (limon sarısı): Parlak sarı renkler için kullanılır. Toprak yeşili (krom oksit veya bakır oksit): Doğal bitki tonlarını taklit eden yeşiller elde edilir. Mavi ve mor tonları (kobalt oksit, manganez oksit vb.). Ayrıca, mühür boyası, asetat boyaları ve guaj boyalar da ebru sanatında kullanılan diğer boya türlerindendir. Boya seçimi, su üzerinde yayılma kabiliyeti, saydamlık, dayanıklılık ve renk çeşitliliği gibi faktörlere bağlıdır.