Dr. Jekyll ve Bay Hyde'ın sonunda, Dr. Jekyll, Bay Hyde tarafından tamamen tüketilir 2. Bay Hyde, daha sonra kendini öldürür ve bu esnada Jekyll'ı da öldürür 2.

Romanın sonuna doğru, Dr. Jekyll deneyin ardındaki mantığı açıklar ve insanın aslında iki benliği olduğunu, iyi ve kötü yanlarının çatıştığını belirtir 5. Jekyll, bu iki tarafı ayırmayı başarırsa insanın özgür olabileceğini düşünür 2. Bunun için yaptığı kimyasal deneyler sonucunda içtiği bir iksir onu korkunç suçlar işleyen Bay Hyde'a dönüştürür 25.

Bir süre sonra, Dr. Jekyll ilacı kendisi olarak kalabilmek için içmeye başlar, ancak elindeki kimyasal maddeler tükenir ve yeni aldırdıklarının aktif maddesi zayıf olduğu için aynı etkiyi yapmaz 3. Mr. Hyde'ın kontrolü ele geçirmesiyle, Dr. Jekyll artık sosyal statüsünü düşünebilme yeteneğini de kaybeder 3.

Bir gün, Regents Park'ta gezinirken istem dışı bir şekilde Bay Hyde'a dönüşür 1. Eve gidemez, yüzünü saklayıp izbe bir pansiyona gider ve orada, ilaçlarını getirmesi için Lanyon'a bir mektup yazar 1.

Artık dönüşümü kontrol edemez hale gelen Dr. Jekyll, bir yol ayrımına gelir: İşlediği suçlar nedeniyle polisin eline düşmek veya intihar 3. Mektubun da yer aldığı roman, "Her iki durumda da, bedbaht Henry Jekyll’ın hayatına son veriyorum" cümlesiyle son bulur 3.