Derinkuyu Yeraltı Şehri'nin altında birbirine bağlı odalar, tüneller, havalandırma bacaları ve su kuyuları bulunmaktadır. Şehrin bazı bölümleri: Ahırlar ve mutfaklar üst katlarda yer alır. Yaşam alanları ve kiliseler alt katlarda bulunur. Eğitim alanları (örneğin, geleneksel Bizans misyoner okulu) iç katlarda yer alır. Erzak depoları ve şarap imalathaneleri de şehrin önemli bölümlerindendir. Ayrıca, düşman saldırılarına karşı korunmak için tasarlanmış sığınaklar ve gizli geçitler de mevcuttur.