Cherokee halkının kökeni, Iroquoian dil grubuna dayanmaktadır. İki ana teori Cherokee'nin kökeni hakkında öne sürülmektedir: 1. Kuzeyden Göç Teorisi: Cherokee'nin, Büyük Göller bölgesindeki kuzey alanlarından tarih öncesi çağların sonlarında Güney Appalachia'ya göç ettiği düşünülmektedir. 2. Güneydoğu'da Köken Teorisi: Cherokee'nin binlerce yıldır Güneydoğu'da olduğu ve proto-Iroquoian dilinin bu bölgede geliştiği savunulmaktadır.