Çağatay Hanlığı'nı kimin yıktığına dair farklı görüşler bulunmaktadır. Timur (Timurlenk). Dzungar Hanlığı. Moğol beyleri. Çağatay Hanlığı, 17. yüzyıl sonlarına kadar varlığını sürdürse de, 1347 yılında ikiye bölündükten sonra toprak kayıpları yaşamış ve giderek zayıflamıştır.