Ali Rıza Efendi'nin ölüm nedeni hakkında kesin bir bilgi bulunmamakla birlikte, tarihçiler ölümünün kronik sağlık sorunlarına bağlı olduğunu belirtmektedir. En yaygın görüş, Ali Rıza Efendi’nin siroz veya karaciğer yetmezliği gibi bir hastalıktan hayatını kaybettiği yönündedir. Şevket Süreyya Aydemir’in Tek Adam adlı eserinde, Ali Rıza Bey’in alkol kullanımı ve buna bağlı karaciğer sorunları yaşadığı öne sürülse de bu iddia tartışmalıdır. Falih Rıfkı Atay’ın Çankaya kitabında ise tüberküloz ihtimali üzerinde durulmaktadır. Dönemin yetersiz tıbbi koşulları, teşhisi zorlaştırmış olabilir. Zübeyde Hanım, Ali Rıza Efendi'nin hastalığı ve ölümü ile ilgili olarak şunları söylemiştir: > "İşleri kötü gitti. Nihayet bağırsak iltihabına yakalandı. Üç sene sonra kadar da vefat etti." Ali Rıza Efendi, 6 Kasım 1888’de vefat ettiğinde, Mustafa Kemal 7 yaşındaydı.