Akatsuki organizasyonunun sonu, Obito Uchiha'nın (Tobi) tüm vücudunun Kaguya'nın saldırısıyla yok olmasıyla sona erer. Akatsuki'nin ana planı, kuyruklu canavarları yakalamak ve stratejik olarak konuşlandırmaktı. Bazı kaynaklar, Akatsuki'nin hedeflerinin ruhen devam ettiğini, örneğin Ryūha Silahlı Kuvvetleri ve Gengo gibi organizasyonların varlığını sürdürdüğünü belirtmektedir.