Akatsuki'nin sonu, Naruto serisinde şu şekilde biter: Nagato (Pain olarak da bilinir), Naruto tarafından düşünceleri değiştirildikten sonra organizasyonu terk eder ve kendini feda ederek öldürdüğü insanların ruhlarını diriltir. Bu eylem, Akatsuki'nin amaçladığı dünya barışına ulaşmak için yaptığı son hamledir. Diğer üyeler ise çeşitli şekillerde ölür: - Itachi, Sasuke ile yaptığı savaşta tüm gücünü harcayarak ölür ve ölmeden önce üç büyük göz tekniğini kardeşine aktarır. - Hidan, Shikamaru Nara tarafından tuzağa düşürülerek öldürülür. - Kakuzu, Konohalılar ile yapılan savaşın sonucunda Fuuton-Rasenshuriken tekniği ile ölür. - Deidara, Sasuke'yi öldürmek isterken kendini de havaya uçurarak ölür.