"A Certain Index", doğaüstü güçlerin bilim sayesinde, büyünün ise din sayesinde var olabildiği bir dünyada geçen bir hikâyeyi anlatır 14.

Baş karakter Touma Kamijou, Academy City adlı teknolojik açıdan gelişmiş bir yerde yaşayan bir lise öğrencisidir 23. Touma, Imagine Breaker adlı, diğer bütün güçleri yenebilen ama kullanıcının iyi şansını zayıflatan bir yeteneğe sahiptir 14.

Bir gün Touma, Index adında, hafızasında 103.000 yasak büyü kitabı bulunan genç bir kızla karşılaşır 23. Index, bir büyücüler topluluğu tarafından kovalanmaktadır 4. Touma, Index'in sadık bir dostu ve koruyucusu olur 2.