"A Certain Magical Index", doğaüstü yeteneklerin var olduğu bir dünyada geçer. Konusu: Tokyo'nun batısında yer alan teknolojik olarak gelişmiş Academy City'de yaşayan lise öğrencisi Tōma Kamijō, "Imagine Breaker" adlı bir güce sahiptir. Bir gün, balkonunda beyazlar içinde Index adında bir kızla karşılaşır. Tōma, Index'in başına açtığı dertlerin içinde kendini bulur ve bilim ile büyünün çarpıştığı bir maceraya atılır.