Uyuşmazlık Mahkemesinin görevi, adli ve idari yargı organları arasındaki görev ve hüküm uyuşmazlıklarını kesin olarak çözmektir. Bu kapsamda Uyuşmazlık Mahkemesi'nin iki ana görevi vardır: 1. Görev Uyuşmazlığı: Başka bir yargı kolunun görev alanına girdiği gerekçesiyle yapılan görev itirazının mahkeme tarafından reddedilmesi halinde ortaya çıkar. 2. Hüküm Uyuşmazlığı: Aynı konuyla ilgili olarak iki farklı yargı organınca verilen ve kesinleşen çelişkili kararların varlığı halinde, bu uyuşmazlığı çözmek.