Sağlık Bakanlığı'nın ana hizmet birimleri şunlardır: Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü. Acil Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü. Sağlığın Geliştirilmesi Genel Müdürlüğü. Sağlık Bilgi Sistemleri Genel Müdürlüğü. Sağlık Yatırımları Genel Müdürlüğü. Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü. Hukuk Müşavirliği. Denetim Hizmetleri Başkanlığı. Strateji Geliştirme Başkanlığı. Ayrıca, Türkiye İlaç ve Tıbbi Cihaz Kurumu ve Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı da Sağlık Bakanlığı'na bağlı kuruluşlardır.