MİT'te dikey yapılanma, hiyerarşik organizasyon veya hat organizasyonu olarak da bilinir 5. Bu yapıda, komuta zinciri yukarıdan aşağıya doğru kademeli olarak ilerler ve hiyerarşik bir düzen vardır 5. Her ast, bir üste rapor verir ve her pozisyonun doğrudan rapor verdiği tek bir üstü bulunur 5.

MİT'teki dikey yapılanmaya örnek olarak, müsteşar yardımcılarının sayısı 4'ten 6'ya yükseltilmesi ve yeni atamaların yapılması gösterilebilir 3. Ayrıca, dış istihbaratla özel operasyon birimlerinin ayrılması ve teknik istihbarattan sorumlu müsteşar yardımcılığının oluşturulması da bu yapılanmanın bir parçasıdır 3.