Kemal Kılıçdaroğlu, SSK'dan Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanı Necati Çelik'in kararı ile 1996 yılında görevden alınarak Müsteşar Yardımcılığı'na atanmıştır 34.

Kılıçdaroğlu'nun SSK Genel Müdürlüğü döneminde, kurumla ilgili bazı iddialar ve eleştiriler de bulunmaktadır. Örneğin, bir firmanın anlaşmaya uymayıp işi yarım bırakması durumunda, SSK'yı zarara uğratmakla suçlanan bir kişinin, Kılıçdaroğlu tarafından yeniden göreve getirildiği belirtilmiştir 3. Ayrıca, SSK Personel ve Unvan Yönetmeliklerinde yapılan ve sınav şartını kaldıran değişiklik, Danıştay tarafından yürütmeyi durdurma kararıyla karşılanmış, ancak Kılıçdaroğlu bu kararı dikkate almayarak 380 sağlık personelinin sözleşmesini feshetmiş ve 400'e yakın personelin unvan yükselmesini geri almıştır 3.

Ancak, Kılıçdaroğlu'nun SSK'yı batırdığı iddiaları bilimsel ve teknik temelden yoksundur 4. SSK'nın yaşadığı mali sorunların asıl kaynağı, sistemsel ve siyasi nedenler olarak değerlendirilmektedir 4.