Kamu Hastaneleri Genel Müdürlüğü'nde aşağıdaki daireler ve birimler bulunmaktadır: 1. Daire Başkanlıkları: Sağlık Tesisleri, Tıbbî Cihaz ve Tıbbî Hizmet Alımları Planlama, Acil Sağlık Hizmetleri, İstatistik, Finansal Analiz ve Faturalandırma, Döner Sermaye Bütçe ve Muhasebe İşlemleri, Hukuk ve Mevzuat, Tedarik Yöntemleri ve Satın Alma, Tedarik Planlama, Stok ve Lojistik Yönetimi, Verimlilik ve Kalite Uygulamaları, Ek Ödeme, Destek Hizmetleri, Hasta Hakları ve Güvenliği, İnsan Gücü Planlama, Şehir Hastaneleri Koordinasyon. 2. Diğer Birimler: Hastane Hizmetleri ve Tescil, Koruyucu Sağlık Hizmetleri, Ağız ve Diş Sağlığı Hizmetleri, Evde Sağlık ve Palyatif Bakım, Ruh Sağlığı, ÜYTE, Genetik, El Cerrahisi, Kalp Merkezi, Organ Nakli ve Diyaliz Merkezi.