Kamu Hastaneleri Genel Müdürlüğünde bulunan bazı birimler şunlardır: Acil Sağlık Hizmetleri ve Yurt Dışı Sağlık Birimleri Daire Başkanlığı; Biyomedikal Mühendislik Hizmetleri Daire Başkanlığı; Döner Sermaye Bütçe ve Muhasebe İşlemleri Daire Başkanlığı; Ek Ödeme Daire Başkanlığı; Finansal Analiz ve Faturalandırma Daire Başkanlığı; Hasta, Çalışan Hakları ve Güvenliği Daire Başkanlığı; Hukuk ve Mevzuat Daire Başkanlığı; İdari Hizmetler ve İletişim Yönetimi Daire Başkanlığı; İnsan Gücü Planlama Daire Başkanlığı; İstatistik, Analiz, Raporlama ve Stratejik Yönetim Daire Başkanlığı. Ayrıca, Sağlık Hizmetleri Daire Başkanlığı da Kamu Hastaneleri Genel Müdürlüğüne bağlı olarak çalışmaktadır.