İstiklal Mahkemeleri'nde çeşitli suçlardan dolayı birçok kişi yargılandı: 1. Asker kaçakları: Mahkemeler, askerlikten firar edenlerle ilgili davalara baktı. 2. Casuslar ve bozguncular: Hıyanet-i Vataniye Kanunu kapsamında askeri ve siyasi casusluk suçları yargılandı. 3. Şeyh Said İsyanı ve diğer ayaklanmalarla ilgili davalar. 4. Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal'e suikast girişimi ve bu olayla bağlantılı kişiler. 5. Şapka inkılabına muhalefet edenler. 6. İttihatçılar ve eski İâşe nâzırı Kara Kemal gibi tanınmış isimler. Ayrıca, gazeteciler de rejime karşı halkı tahrik ettikleri gerekçesiyle yargılandı.