İstanbul Valiliğinde bulunan bazı birimler şunlardır: Özel Kalem Müdürlüğü; İl Yazı İşleri Müdürlüğü; İl İdare Kurulu Müdürlüğü; İdare ve Denetim Müdürlüğü; İl Basın ve Halkla İlişkiler Müdürlüğü; İl Planlama ve Koordinasyon Müdürlüğü; İl Sosyal Etüt ve Proje Müdürlüğü; Protokol Şube Müdürlüğü; Bilgi İşlem Şube Müdürlüğü; İdari Hizmetler Şube Müdürlüğü; Hukuk İşleri Şube Müdürlüğü; Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığı; Türk Dünyası ve Akraba Toplulukları Koordinatörlüğü; Açık Kapı Şube Müdürlüğü; Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Bürosu; İl Enerji Yönetim Birimi. Ayrıca, İstanbul Valiliği bünyesinde İl Milli Eğitim Müdürlüğü, İl Sağlık Müdürlüğü, İl Emniyet Müdürlüğü, İl Jandarma Komutanlığı ve İl Kültür ve Turizm Müdürlüğü gibi il müdürlükleri de bulunmaktadır.