İSKİ Genel Müdürü, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanının teklifi üzerine Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanı tarafından atanır. Genel Müdürün seçilme süreci şu şekildedir: 1. Teklif: İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı, Genel Müdürü teklif eder. 2. Onay: Teklif, Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanı tarafından onaylanır. Genel Müdürün görev süresi 3 yıldır ve süresi dolanlar yeniden atanabilir.