Hasan Polatkan, 27 Mayıs 1960 darbesi sonrası başlatılan Yassıada Yargılamaları'nda "anayasal düzeni bozma ve değiştirmeye kalkışmak" suçundan ölüm cezasına çarptırılmış ve bu ceza 16 Eylül 1961'de İmralı Adası'nda infaz edilmiştir .
Polatkan, Başbakan Adnan Menderes ve Dışişleri Bakanı Fatin Rüştü Zorlu ile birlikte idam edilmiştir .