Ergün Atalay'ın istifa ettiğine dair herhangi bir bilgi bulunmamaktadır. Ancak, Ergün Atalay'a yönelik istifa çağrıları yapılmıştır. Bu çağrıların bazıları şunlardır: Tekgıda-İş Sendikası Genel Başkanı Mustafa Türkel, Atalay'ı Türk-İş'i AKP'ye bağlı bir kurum gibi yönetmekle suçlayarak istifaya davet etmiştir. Türkiye'deki akademisyenler, sendikacılar ve siyasi parti temsilcileri, düşük zamma imza atması ve hükümetin bile ciddiye almadığı enflasyon oranını kabul etmesi nedeniyle Atalay ve Türk-İş yönetiminin istifasını istemişlerdir. TÜRASAŞ Eskişehir Bölge Müdürlüğü’nde çalışan işçiler, haklarını yeterince koruyamadığı gerekçesiyle Atalay'ı protesto ederek istifasını talep etmişlerdir. Ergün Atalay, istifa çağrılarına karşılık olarak, kendisinin %94 oy ile seçildiğini ve sendikanın emanetçisi olduğunu belirterek, üyelerinin destek vermesi gerektiğini ifade etmiştir.