Emre Taner, Millî İstihbarat Teşkilatı'nda (MİT) çeşitli önemli görevlerde bulunmuştur: 1967'de MİT'e girdi ve burada çeşitli kademelerde görev yaptı. Bursa ve İstanbul Bölge Başkanlığı görevlerinde bulundu. 1987'de İstihbarat Başkanlığı ve 1992'de Müsteşar Yardımcılığı yaptı. 1994'te yurt dışı göreve atandı. 1999'da Müsteşar Operasyon Yardımcılığı görevine getirildi. 15 Haziran 2005'te MİT Müsteşarı oldu ve 26 Mayıs 2010'da emekli oldu. Ayrıca, Taner'in Abdullah Öcalan ve Mesud Barzani ile devletin bilgisi dahilinde görüşmeler yaptığı bilinmektedir.