Deniz ve İç Sular Genel Müdürlüğü, 17 Ocak 2020 tarihli 56 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile kaldırılmıştır. Denizcilik Genel Müdürlüğü, Deniz ve İç Sular Genel Müdürlüğü'nün yerine kurulmuştur. Denizcilik Genel Müdürlüğü'nün bazı görevleri şunlardır: Deniz ve iç sular ulaştırması alanında hizmet üretenler ile hizmetten yararlananların hak, yükümlülük ve sorumluluklarını belirlemek. Milli denizcilik ve deniz ticaretine ilişkin politika, strateji, hedef ve uygulamalar ile gözetim hizmetlerine ilişkin usul ve esasları belirlemek. Türk deniz ticaret ve turizm filosunun gelişmesi, yenilenmesi, pazar payının büyümesi ve milletler arası rekabet gücünün artırılması için gerekli tedbirleri almak. Dünyadaki deniz ve iç sular ulaştırması ile ticaret filosu hakkındaki istatistikleri takip edip gelişme eğilimlerini izleyerek raporlamak. Deniz ve iç sularda yürütülen tarama faaliyetlerine ilişkin usul ve esasları belirlemek ve bunlara ilişkin iş ve işlemleri yürütmek. Tarama işini yapan ve yaptıran kamu kurum ve kuruluşları ile gerçek ve tüzel kişileri yetkilendirmek, denetlemek veya denetlettirmek.