Prof. Dr. Canan Karatay'a verilen cezalar, tıbbi açıklamaları ve uygulamaları nedeniyle ortaya çıkmıştır. Meslekten men cezası: 2024 yılında, eski bir hastası tarafından açılan davada, yanlış tedavi uyguladığı iddiasıyla meslekten men talebiyle yargılanmaktadır. Para cezaları: 2016 yılında bir televizyon programında yaptığı açıklamalar nedeniyle İstanbul Tabip Odası tarafından para cezası verilmiştir. Ayrıca, Karatay hakkında, çeşitli iddiaları nedeniyle 30'a yakın soruşturma dosyası bulunmaktadır.