3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu 29 Haziran 2006 tarihinde yapılan değişikliklerle bazı maddeleri yeniden düzenlenmiştir. Kanunda yapılan bazı değişiklikler şunlardır: - Terör tanımı: Kanunun 1. maddesinin başlığı "Terör tanımı" şeklinde değiştirilmiştir. - Terör suçları: Kanunun 3. maddesinde, Türk Ceza Kanunu'nun belirli maddelerinde yer alan suçların terör suçu olarak kabul edileceği belirtilmiştir. - Terör örgütü üyeliği: Kanunun 4. maddesinde, terör örgütünün faaliyeti çerçevesinde işlenen suçların terör suçu sayılacağı ve bu tür suçlara karışan kişilerin Türk Ceza Kanunu'nun 314. maddesi hükümlerine göre cezalandırılacağı düzenlenmiştir. - Basın ve yayın yoluyla terör propagandası: Kanunun 7. maddesinde, terör örgütünün propagandasını yapan kişilerin bir yıldan beş yıla kadar hapis cezası ile cezalandırılacağı hükme bağlanmıştır. Ayrıca, kanunun bazı maddeleri yürürlükten kaldırılmış ve yeni ek maddeler eklenmiştir.