Midilli atları, kendi türleriyle çiftleşir. Midilli atları, belirli bir at ırkının özelliklerini taşıyan atların çiftleşmesiyle ortaya çıkar ve bu ırklar genellikle belirli bir boy standardını karşılar 12. Örneğin, bir Shetland Ponisi ile bir Galler Ponisi çiftleşebilir ve bu çiftleşme sonucunda yine midilli sınıfına giren bir yavru elde edilir 1.

Midilli atları, eşeklerle çiftleşmez ve "midilli-eşek" karışımı bir hayvan oluşmaz 1.