Külliye içinde çeşitli fonksiyonel yapı birimleri bulunur, bunlar arasında en yaygın olanlar şunlardır: 1. Cami: Külliyenin merkezinde yer alan ibadet yapısıdır. 2. Medrese: Orta ve yüksek öğretim düzeyinde eğitim veren yapıdır. 3. İmarethane: Hem medresede eğitim alanlara hem de ihtiyaç sahibi yoksullara yemek dağıtılan ücretsiz yemekhanedir. 4. Türbe: Külliyenin banisi, sultan, sultan yakınları ve halk üzerinde manevi nüfuzu olan kişilerin mezarlarının bulunduğu yapıdır. 5. Hamam: Kamuya açık banyo ve temizlik mekanıdır. 6. Darüşşifa: Günümüz hastaneleri olarak hizmet veren, aynı zamanda tıp eğitiminin de verildiği kuruluşlardır. 7. Kervansaray: Kervan sahiplerinin konaklaması için kurgulanan yapılardır. Bunun yanı sıra, külliyelerde sıbyan mektebi, kütüphane, çarşı, tekke, zaviye gibi yapılar da yer alabilir.