Kongo Havzası, Afrika kıtasının Orta Afrika bölgesinde yer almaktadır. Bu havza, Kongo Demokratik Cumhuriyeti ve Kongo Cumhuriyeti sınırları içinde büyük bir kısmı kaplarken, ayrıca Angola, Kamerun, Orta Afrika Cumhuriyeti, Gabon, Ruanda, Burundi, Tanzanya ve Zambiya gibi diğer ülkelerin bazı bölgelerini de içine almaktadır.