İnönü mağaralarının önemli olmasının bazı nedenleri: Tarihî ve kültürel değer: Bizans ve Eti dönemi: Mağaraların Bizans döneminden kaldığı tahmin edilmektedir, bazı kaynaklarda ise Eti döneminde de kullanıldığı belirtilmektedir. Tarih öncesi izler: Mağaralarda yapılan kazılarda, Kalkolitik ve Tunç Çağları'na ait kalıntılar bulunmuştur. Hac işaretleri: Mağara girişlerinde bulunan hac işaretleri, bölgenin Hristiyanlık için önemli bir merkez olduğunu ortaya koymaktadır. Doğal oluşum ve jeolojik benzerlik: Mağaralar, Nevşehir'deki Ürgüp-Göreme mağaralarıyla jeolojik benzerlik göstermektedir. Kirmir Çayı'nın aşındırmasıyla oluşan doğal yapılar, bölgenin doğal estetiğini ve jeolojik değerini artırmaktadır. Ekolojik önem: Mağaraların bulunduğu alan, endemik türler ve kritik düzeyde türler barındırmakta olup, biyolojik çeşitlilik açısından önemlidir.