Haliç'in kirli ve kötü kokmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Sanayi Devrimi ve Göç: Sanayi tesislerinin atıkları ve 1950'li yıllarda yaşanan yoğun göç dalgası, Haliç suyunu kirletmiştir. 2. Plansız Yapılaşma: Konutlardan gelen evsel atıklar da su kalitesini olumsuz etkilemiştir. 3. Dip Çamuru: Haliç'in dibinde biriken çamur, havasız ortamda kokuya neden olmaktadır. 4. Mevsimsel Etkiler: Havaların ısınmasıyla alg patlamalarının yaşanması, suyun rengini değiştirip kötü kokuya yol açmaktadır. İstanbul Büyükşehir Belediyesi, bu sorunları çözmek için temizlik çalışmaları yapmakta ve dip tarama işlemleri gerçekleştirmektedir.