Ege Bölgesi'nin dağlarla bölünmesinin nedeni, yer kabuğundaki kırılmalar (orojenez) sonucunda oluşan horst ve graben yapılarıdır. Horstlar, yükselen yerlerdir ve Kaz Dağı, Madra Dağı, Yunt Dağı, Bozdağlar, Aydın Dağları ve Menteşe Dağları'nı içerir. Grabenler, çöken yerlerdir ve Edremit, Bakırçay, Gediz, Küçük Menderes ve Büyük Menderes gibi çöküntü ovalarını oluşturur. Bu coğrafi oluşum, bölgenin batısında dağların kıyıya dik uzanmasına, dolayısıyla girintili çıkıntılı bir kıyı yapısına, bol koy ve körfezlere yol açar.