Amasya'da daha önce gerçekleşen bazı doğal afetler: Depremler: 1579 depremi, özellikle Çorum'da etkili olmuş, Amasya'da Hızır Paşa Camii, İmaret ve Medresede hasara yol açmıştır. 1647-1648 depremlerinde Hacı Hamza Mescidi, Fethiye Camii ve Hilafet Gazi Medresesi hasar görmüştür. 16 Ağustos 1668 depremi, Kuzey Anadolu Fay Hattı'nı kırmış, Amasya'da Sultan Bayezid Camii'nin kubbeleri ve minareleri ile Amasya Kalesi'nin duvarlarında yıkıma neden olmuştur. 1943 depremi, Amasya, Çorum, Tokat, Ordu ve Kastamonu'da yıkıma yol açmış, 4016 kişi hayatını kaybetmiş ve 23.785 ev yıkılmıştır. Diğer afetler: 29 Ekim 1776 depremi, Vezirköprü ve Merzifon'u etkilemiş, Ayşe Hatun Türbesi'nin yıkılmasına neden olmuştur. 18 Temmuz 1794 depremi, Çorum bölgesinde meydana gelmiş ve Amasya'yı da etkilemiştir. Şiddetli seller ve fırtınalar, özellikle 2023 yılında Amasya'da büyük hasarlara yol açmıştır.