"Transformers: Prime 1", Otobotlar ve Decepticonlar arasındaki savaşı konu alır. Hikaye, Megatron'un her zamankinden daha güçlü bir şekilde geri dönmesiyle başlar ve Otobotlar, genç yaştaki üç insan müttefikin de yardımıyla tehdidi bertaraf etmeye çalışır. Dizide öne çıkan olaylar arasında, Dünya'nın Unicron'un bedeni olduğunun keşfi ve Optimus Prime'ın hafızasını kaybetmesi yer alır.