Evet, Spy x Family'nin 1. ve 2. sezonları bağlantılıdır, çünkü 2. sezonun hikayesi, 1. sezonun sonunda başlayan olayların devamı niteliğindedir. Spy x Family'nin 2. sezonu, 1. sezonun sonunda Loid'in, Strix Operasyonu'nu tamamlamak için Donovan Desmond'a yaklaşma çabalarının ardından, Anya'nın prestijli bir okula kaydolması ve Damian ile arkadaş olma girişimleriyle devam eder.